虎尾科大設有工程、電機信息、管理及文理4個學院，包含10個研究所、19個學系及2個由台灣當局教育主管機構重點補助成立的技術研發中心。另外，創意工程與精密科技研究所、航空與電子科技研究所、自動化工程系研究所、生物科技系研究所及資訊工程系研究所已獲台灣地區教育主管機構批准，將於2007年開始招生。

工程學院

台灣虎尾科技大學大操場

台灣虎尾科技大學大操場

工程學院在創校之初就已成立，且科系精緻細分，如將機械系細分為機械設計工程系、動力機械工程係等，以加強學生的專業能力。目前技術蓬勃發展，工程學院開始推動跨領域多元專業學程與強化跨校院交流，以培育機電光跨領域產業科技工程人員。因應政府在機光電及微奈米產業的積極投入，且精密機械自動化及微機電系統設計已經成為台灣地區教育主管機構及產業界之重要發展方向，工程學院的研究屬性因而逐漸朝向四個重點特色領域發展：精密機械工程、微機電系統工程、材料與綠色能源工程、飛機航電與車輛通訊工程，並配合台灣地區經濟建設及教育政策，逐步邁向研究型大學發展。目前設有7個學系、3個研究所，如下：

材料科學與綠色能源工程研究所（含碩士班）

機械與機電工程研究所（含博、碩士班）

創意工程與精密科技研究所（含碩士班）

航空與電子科技研究所（含碩士班）

自動化工程系（含碩士班）

機械與計算機輔助工程系

材料科學與工程系

動力機械工程系

機械設計工程系

飛機工程系

車輛工程系

電機信息學院

虎尾科大椰林大道

虎尾科大椰林大道

電機信息學院以培育電機、電子、信息、光電、通訊等高科技人才為宗旨，近年來隨著電子產業的迅速起飛與因特網的發明，電機信息人才的需求更為急切，因此電機信息學院與台灣當局政策、島內產業科技、中部科學工業園區配合，共同推展產學合作，以有計劃性的培育出有理論基礎和實務經驗，並適合產業所需之人才。同時，電機信息學院將產業資源應用於教學上，提供產業界技術服務及發展協助，以順應社會潮流與產業的動向發展。目前設有4個學系、3個研究所，如下：

光電與材料科技研究所（含博、碩士班）

電機工程系（含碩士班）

資訊工程系（含碩士班）

光電工程系

電子工程系

管理學院

管理學院以培養具有創新及規劃決策能力之專業管理人才為目標，強調實務與理論之相互配合，落實信息基礎建設之研究、終身學習理念及自我學習，以應全球信息環境丕變與國際化，目標以前瞻性眼光負起未來企業之競爭力。管理學院著重於經營決策分析及高科技管理、生產力提升之管理、質量計劃與保證之管理，經常以實務專題作為教學，磨練學生對於專業理論與實務之整合應用和處理專業問題之能力。目前設有4個學系、3個研究所，如下：

工業工程與管理研究所（含碩士班）

經營管理研究所（含碩士班）

信息管理系（含碩士班）

工業管理系

企業管理系

財務金融系

文理學院

虎尾科大噴水池

虎尾科大噴水池

文理學院雖然成立不久，但規模已經擴充。直至今日，已是一個體系完善的學院，因而除了專業系所及中心的教學研究外，並肩負全校人文、數理、通識教育之教學和提供學生優良的自我學習環境，以及提供專業師資對外進行推廣教育與產學合作。其發展特色注重於人文科技並重、專業通識均衡，讓學生多元化學習技能，並提升教師的學術競爭力及加強學校與小區的互動。目前設有4個學系，1個研究所，如下：

生物科技系（含碩士班）

休閒事業經營系

多媒體設計系

應用外語系